不同的商标使用在不同的店铺，留的申请人邮箱是同一个，会产生关联吗？亚马逊会认为是多账号运营吗？

可能会关联，有风险。
亚马逊店铺关联因素有很多，其中包括
1、网络因素：宽带网络、无线网卡。
2、浏览器指纹：系统字体，系统版本，打字速度，插件
3、产品因素：图片，描述，fba发货信息
4、注册资料：公司资料，个人资料，电话，收款账户，邮箱
5、cookies信息：上网是访问网站的数据，用户id，密码，浏览的网页，停留的时间
6、邮件图片、flash关联
7、kyc审核：股东信息，地址账单
8、云主机登录。有两种常见的被认定为关联的情况：1、注册资料，同一套资料注册了美国站，英国站，立刻就收到了亚马逊发送的账号关联邮件，当然这种关联是亚马逊允许的，但是之后还是要小心的经营。
不同的资料但是法人有关联，手机号相同然后被亚马逊判定为关联的。
2、ip相同，卖家用了和其他卖家相同的ip直接导致账号被关联。

楼上的是瞎说吧。商标注册留的邮箱和亚马逊没有任何关系，亚马逊没那么强大去查商标局的邮箱
两个平台而已
A公司的商标都可以给B公司去备案。
这怎么可能会管关联

不会