客户注册批发帐户使用的电子邮件地址与我在Shopify中记录的电子邮件地址不一样。现在我的Shopify商店中存在重复的客户。我可以合并这些客户条目吗？

您无法在Shopify中合并客户。您也无法删除拥有订单的客户（但如果他们只拥有草稿订单，则可以删除他们）。如果您的新批发客户没有订单，则可以删除此客户条目并要求您的客户再次进行注册。
如果客户有订单，您可以：
在其客户资料中添加备注，并包含指向重复客户条目的链接。
重命名重复的条目以确保您不会错误地使用它（例如，在客户姓氏的开头添加zzzz）。
要求客户再次进行注册。