保税港区的功能具体包括仓储物流，对外贸易，国际采购、分销和配送，国际中转，检测和售后服务维修，商品展示，研发、加工、制造，港口作业等9项功能。
保税港区享受保税区、出口加工区、保税物流园区相关的税收和外汇管理政策。主要为：国外货物入港区保税；货物出港区进入国内销售按货物进口的有关规定办理报关，并按货物实际状态征税；国内货物入港区视同出口，实行退税；港区内企业之间的货物交易不征增值税和消费税。保税港区叠加了保税区和出口加工区税收和外汇政策，在区位、功能和政策上优势更明显。
我国建设保税港区的作用及意义
港口是水陆运输的枢纽，是国内市场和国际市场的结合点。改革开放以来，我国在沿海开放城市天津、大连、深圳、上海外高桥、张家港、广州、厦门、宁波等已建立了一批保税区和保税物流园区。国家对保税区在关税、财政、金融、贸易等方面实行了特殊政策，保税区成为各地区经济发展的增长点、吸引外商投资的热土。而保税港区将港口的物流功能和保税区的特殊政策完美结合，实行出口加工区、保税区和港区的“三区合一”，更能充分发挥区位优势和政策优势。保税港将成为沟通国际、国内两个市场的重要桥梁，其物流功能和优惠政策既可为外商进入中国市场创造条件，也为国内企业参与国际市场竞争架起便捷的桥梁，促进进出口贸易、转口贸易、出口加工业等的发展。设立保税港区对我国经济和对外贸易的发展意义非凡。
我国的对外贸易90%由海上远洋运输，港口是我国进出口贸易的“桥头堡”。建设保税港区既是加快我国经济建设的需要，也是参与国际经济竞争的要求。随着经济全球化进程的加快，港口作为全球供应链中物流、信息流、资金流的中心节点，已成为国家或地区参与国际分工合作和竞争的重要战略资源。建设三大保税港区，对于加快上海、天津、大连国际航运中心的建设，促进现代物流业的发展，推动我国进出口贸易的持续、快速增长，提升我国对外开放水平，都具有深远的意义。
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