日本商标注册与国内商标注册的区别如下：

1、中国商标注册费用只缴纳一次，日本的商标注册费用要在申请阶段和注册阶段分别缴纳一次，如果商标没有通过审查则不必缴纳注册阶段的费用。

2、中国商标先公告后注册，初审通过之后公告3个月，无人异议再注册公告，才算正式注册成功；而日本商标先注册后公告，审查完毕缴纳注册费用后即已注册，然后再予以公告2个月。

3、日本商标注册阶段的费用缴纳还有独特的分期付款制度，即第一次可以只缴5年的费用，5年快到期时再缴5年的费用。